우리사주 인출 과세제도 종합 분석

우리사주 인출 시나리오별 과세 처리 흐름

1. 의무예탁기간 이전 조기 인출: 근로자가 배정받은 우리사주(자사주)는 일반적으로 「근로복지기본법」에 따른 의무예탁기간 동안 증권금융회사 등에 예탁되어야 하며, 해당 기간에는 임의 인출이 제한됩니다 . 다만, 불가피한 사유가 발생하면 예탁기간 중에도 인출이 가능하며, 이러한 경우에는 세법상 즉시 과세가 이루어집니다. 우리사주조합이 해산하거나 조합원이 사망한 경우, 퇴직(퇴사)한 경우, 회사의 합병 등으로 주식매수청구권 행사 등 불가피한 경우에는 예탁기간 중이라도 인출이 허용됩니다 . 특히 퇴직이나 기타 불가피한 사유의 경우 예탁만료까지 1년 이내로 남은 주식만 인출할 수 있고, 1년을 초과해 남은 주식은 조합이 회수하여 다른 조합원에게 재배정해야 합니다 . (다만 정년퇴직 등 노동부령이 정하는 경우에는 1년 초과분도 인출 허용 .) 이러한 조기 인출이 이루어지면 해당 인출 주식에 대하여 곧바로 근로소득세 과세가 발생합니다 . 보유기간 2년 미만으로 인출하면 보유기간 요건에 따른 비과세 혜택을 받을 수 없어 인출금 전액이 근로소득으로 과세되며  , 회사는 해당 인출금에 대해 기본세율(소득세법 제55조 제1항)을 적용해 원천징수해야 합니다 . 또한 예탁기간 1년 이내의 인출인 경우, 인출일 이전에 그 주식으로 받은 배당소득도 인출 시점에 지급된 것으로 보아 과세됩니다  (예: 1년 내 인출 시 이미 받은 배당에 소득세 부과). 단, 1년을 채우지 못하고 퇴직하더라도 실제 인출을 1년 경과 후에 했다면 배당소득은 과세하지 않는 것이 최근 판례 입장입니다  .

2. 퇴직(이직) 시 인출: 근로자가 퇴직이나 계약만료 등으로 우리사주조합원 자격을 상실하게 되면, 원칙적으로 퇴직 시점에 인출 자격이 생깁니다. 퇴직한 조합원은 예탁기간이 경과한 주식을 인출할 수 있으며, 이때 인출되는 주식에 대해서는 근로소득세가 원천징수됩니다 . 국세청 유권해석에 따르면 조합원 지위를 상실한 자가 인출하는 경우 소득의 귀속시기는 퇴직 등 지위 상실 시점으로 보아, 회사는 퇴사 시점의 소득으로 원천징수 신고를 해야 합니다  . 퇴직 시 인출금액(근로소득)에 대해 기본공제나 근로소득공제 없이 소득세율만 적용하여 세액을 산출하며, 중도퇴사자의 원천징수 이행상황신고서 및 지급명세서를 작성·제출해야 합니다  . 한편 퇴직 시점에 예탁기간이 남아있는 주식의 경우 앞서 언급한 바와 같이 1년 이내 잔여예탁기간 분에 한해 인출이 가능하고, 1년 초과분은 조합이 회수·재배정하도록 규약에 정합니다 . 정년퇴직처럼 특별한 경우에는 잔여예탁기간과 관계없이 전량 인출을 허용하기도 합니다 . 퇴직으로 인한 인출 시 과세 자체는 일반 근로소득과 동일하게 취급되나, 보유기간에 따른 비과세 혜택은 퇴직 여부와 관계없이 실제 인출 시점의 보유기간을 기준으로 적용됩니다 . 따라서 퇴직 후 바로 인출하지 않고 일정 기간 보유하다 인출하면 그 보유기간을 산정해 과세혜택을 받을 수 있습니다.

3. 사망 시 처리: 우리사주조합원이 사망한 경우 조합원 지위는 상실되며, 상속인 등이 조합규약과 법령에 정한 절차에 따라 주식을 인출할 수 있습니다  . 근로복지기본법 시행령은 조합원의 사망을 예탁기간 중 인출이 가능한 사유로 명시하고 있어, 유족은 예탁기간과 무관하게 고인의 보유 주식을 인출받을 수 있습니다 . 이때 인출되는 주식에 대해서도 원칙적으로는 근로소득세가 부과됩니다. 다만 실제 세무실무에서는 사망으로 조합원 지위를 상실한 경우 인출 소득의 귀속시기를 사망 시점으로 보고 처리하게 되는데, 사망자의 원천징수 의무 이행 등의 문제가 있어 실무상 회사가 대신 원천징수·납부하거나 상속인에게 납부 통지하는 방식이 될 수 있습니다. 상속세와의 관계도 고려해야 합니다. 사망으로 인출된 우리사주 주식은 고인의 상속재산에 포함되므로, 인출 시 소득세 과세와 별개로 해당 주식 가치에 대해 상속세 과세대상이 됩니다. 즉, 상속인은 인출 단계에서 근로소득세가 원천징수된 후 남은 주식이나 현금을 상속받고, 그 가액을 기준으로 상속세를 신고·납부해야 하는 구조입니다. 현재 세법에는 사망 시 이중과세를 조정하는 특별규정은 없어, 상속 개시와 인출과세가 동시에 발생하는 다소 불리한 측면이 있습니다. 다만 조합 규약에 따라 사망 시 회사가 주식을 환매수하여 현금으로 지급하는 경우 등이 많아, 실무적으로 상속인은 현금을 수령하고 원천징수된 소득세 및 향후 산출될 상속세를 정산하게 됩니다.

4. 정상 만기 인출(재직 중 예탁기간 경과 후): 근로자가 계속 재직하여 예탁의무기간을 모두 채운 후 우리사주를 인출하는 경우, 이는 가장 일반적인 시나리오입니다. 예탁기간(통상 최소 1년, 회사 출연분의 경우 4~8년 범위에서 설정 )이 종료되면 조합원은 자유롭게 우리사주를 인출할 수 있고, 이때 회사는 해당 인출분에 대해 근로소득세를 원천징수합니다 . 그러나 보유기간별로 일정 비율은 비과세되므로, 장기 보유 시 상당 부분 세부담이 경감됩니다 (다음 섹션 참조). 정상 만기 인출의 경우 퇴직 등 특별한 사유와 무관하므로, 인출 소득의 귀속시기는 인출일이 속하는 과세기간으로 처리되며 연말정산이나 다음해 5월 종합소득 신고 때 정산합니다. 인출 후 근로자는 주식을 자기 명의로 보유하거나 시장에서 처분할 수 있으며, 처분 시 양도소득세 문제가 있을 수 있으나 인출 단계에서 시가에 근거해 이미 근로소득 과세가 되었으므로, 인출 시점 시가가 취득가액으로 간주되어 이후 추가 상승분에만 양도세가 과세됩니다. 예컨대 상장주식을 인출 즉시 매도해 시세차익을 실현해도, 그 차익 상당액은 이미 근로소득으로 과세되었으므로 별도의 양도세는 없으며, 인출 후 주가 상승으로 추가 이익이 발생하면 그 부분에 한해 양도세가 과세됩니다.

보유기간별 과세와 장기보유 세제혜택

인출소득에 대한 과세 특례: 우리사주조합원을 대상으로 한 세제의 핵심은 근로소득 과세의 이연 및 부분 면제입니다. 근로자는 우리사주 취득 시 즉시 과세되는 대신 인출 시점에 근로소득으로 과세되며 , 보유기간이 길어질수록 과세 대상 금액이 줄어드는 혜택을 받습니다  . 아래 표는 현행 조세특례제한법 제88조의4 제6항에 따른 보유기간별 비과세율을 요약한 것입니다  :

우리사주 보유기간 중소기업 (조특법상 중소 정의) 중소기업 외 (중견·대기업 등)
2년 미만 비과세 없음 (인출금 100% 과세)  비과세 없음 (100% 과세)
2년 이상 ~ 4년 미만 인출금의 50% 비과세  인출금의 50% 비과세 
4년 이상 ~ 6년 미만 인출금의 75% 비과세  인출금의 75% 비과세 
6년 이상 인출금 100% 비과세  (중소 외 기업은 4년 초과도 최대 75% 비과세)

주: 비과세율은 과세인출주식에 대한 인출금 중 비과세되는 금액의 비율을 의미합니다. 중소기업 여부는 「조세특례제한법 시행령」 기준에 따르며, 벤처기업 등은 별도 우대규정이 있을 수 있습니다.

위 표와 같이 중소기업의 우리사주를 6년 이상 보유하면 전액 비과세(근로소득세 면제)가 되어 세금 부담 없이 인출할 수 있고 , 중소기업이 아닌 기업의 경우 최대 75%까지 비과세됩니다 . 이 요건은 보유기간을 기준으로 판단하며, 보유기간은 우리사주가 증권금융회사에 의무예탁된 기간 종료일의 다음날부터 인출일까지를 계산합니다 . 예를 들어 의무예탁 1년이 지난 후 추가로 3년을 더 보유하고 인출하면 총 4년 보유로서 인출금 75% 비과세 대상이 됩니다. 만약 보유기간 요건을 충족하지 못한 채 인출하면(예: 2년 미만) 비과세 혜택 없이 전액 과세되므로 , 근로자 입장에서는 최소 2년 이상 장기보유가 세부담 측면에서 유리합니다.

과세 대상 인출금의 계산: 인출 시 근로소득으로 보는 금액(인출금)은 대통령령에 산식이 규정되어 있습니다. 일반적으로 인출일 현재 시가에서 해당 주식의 취득가액(출자금 원가)을 차감한 금액이 과세표준이 됩니다. 다만 우리사주 취득 시 이미 소득공제를 받지 않은 출자금으로 취득한 주식, 회사 출연금으로 취득했으나 허용 한도를 초과한 부분(이미 배정 시 과세된 부분), 잉여금의 자본전입으로 무상지급된 주식 등은 과세인출주식에서 제외되어 인출 시 과세하지 않습니다  . 결국 근로자가 소득공제 혜택을 받고 취득한 주식이나 회사 지원으로 취득하여 배정 시 과세이연된 주식에 한해 인출 시점에 근로소득 과세가 이루어지는 구조입니다  . 예를 들어, 출자금 400만원 한도로 소득공제를 받은 후 취득한 우리사주를 나중에 인출하면 당초 공제받은 부분에 대해 과세되지만, 공제 한도를 초과해 자기 돈으로 추가 납입한 부분으로 산 취득분은 인출 시 과세되지 않습니다 . 또한 인출 시 시가와 취득가액 차익 중 이미 과세된 부분(예컨대 취득 시 할인분 과세 등)은 중복과세되지 않도록 배제됩니다.

예시: 근로자가 1주당 시가 1만원인 우리사주를 1만원에 100주 취득했다고 가정하면 취득 시 과세소득은 없습니다. 이후 퇴직 등으로 3년 뒤 인출할 때 주가가 2만원으로 상승했다면, 주당 1만원의 차익이 발생했습니다. 3년 보유이므로 인출금의 50%가 비과세되고 , 나머지 50%에 대해 근로소득세가 부과됩니다. 총 차익 100만원 중 50만원만 과세표준으로 보고, 이에 근로소득세율을 적용해 회사가 원천징수합니다. 반면 6년 이상 보유하고 인출했다면 상승분 100만원 전액이 비과세되어 소득세를 내지 않습니다 .

공통 세무위험 및 분쟁 사례

우리사주제도는 세제혜택이 크지만, 요건 충족 여부에 따라 예기치 않은 세금 부담이나 분쟁이 발생할 수 있습니다. 다음은 흔히 발생하는 세무상 리스크와 실제 사례들입니다:
• 보유요건 미충족에 따른 전액 과세: 직원이 부득이한 사유로 단기보유(2년 미만) 후 우리사주를 처분해야 하면 인출소득 전액이 근로소득으로 과세되어 상당한 세부담이 발생합니다 . 특히 기업 상장 전후로 주가가 급등한 경우, 기대했던 자본이익 상당 부분이 근로소득세(최대 45%+지방세)로 원천징수될 수 있습니다. 이러한 세부담을 예측하지 못한 직원과 회사 간에 갈등이 생기거나, 퇴사자가 원천징수 세액 환급을 요구하며 소송을 제기하는 사례도 있습니다. 예컨대 한 회사의 퇴직자가 “회사 측이 과도한 세금을 원천징수했다”며 반환청구 소송을 냈으나, 법원은 조세특례제한법 규정에 따른 원천징수는 적법하며 환급 의무가 없다고 판시한 사례가 있습니다 .
• 배당소득 과세여부 분쟁: 우리사주 예탁기간 중 지급된 배당소득의 과세여부도 분쟁이 있었습니다. 법령상 예탁 1년 이내 인출하면 그 이전 배당도 과세되지만 , 1년 경과 후 인출 시 배당소득 비과세가 원칙입니다. 한 사례에서 1년 내 퇴직한 직원이 나중에 주식을 인출받자, 회사가 퇴직 시 받은 배당에 세금을 부과한 것을 두고 다툼이 있었습니다. 대법원 2024.10.8. 선고 2024다254820 판결은 “퇴직으로 조합원 자격을 잃었더라도 예탁 후 1년이 지나 인출하면 그 이전에 지급된 배당소득에 소득세를 과세할 수 없다”고 명확히 하여  , 과세특례의 요건은 인출 시점을 기준으로 판단해야 함을 확인했습니다. 다만 이미 원천징수된 세금에 대해서는 실제 손해가 없으면 부당이득 반환청구를 할 수 없다고 하여, 절차적 한계도 언급하였습니다 .
• 주식 저가취득에 대한 과세와 손금불산입: 회사나 대주주로부터 시가보다 낮은 가액으로 우리사주를 배정받은 경우, 그 할인액에 대해 근로소득세가 부과될 수 있습니다 . 조세특례제한법은 출자금 400만원(벤처 1500만원) 초과 부분으로 취득한 주식의 취득가액이 기준가액보다 낮으면 그 차액을 근로소득으로 과세하도록 규정하고 있습니다 . 실제로 어떤 기업은 대주주 보유 주식을 우리사주조합이 시가보다 크게 할인된 가격에 매입 배정하는 방식으로 직원에게 제공하였고, 세무당국은 시가와의 차액을 근로소득으로 간주하여 과세한 사례가 있습니다. 이 경우 회사는 해당 금액을 직원에 대한 급여로 처리하려 했으나, 국세청 예규는 “우리사주조합원이 저가로 취득하여 근로소득세가 부과된 금액은 회사의 손금산입 대상 인건비가 아니다“라고 해석하였습니다 . 즉, 직원은 세금을 내지만 회사는 비용처리를 못하게 되어 기업 입장에서 예상치 못한 법인세 부담 증가가 발생할 수 있습니다. 이는 우리사주 제도를 악용한 편법 보상에 대한 제재적 성격으로 볼 수 있으며, 향후 이러한 거래는 주의가 필요합니다.
• 원천징수 및 신고 의무 누락 위험: 우리사주 인출소득에 대한 과세특례가 적용될 때, 회사(원천징수 의무자)의 신고의무가 복잡합니다. 현직 직원의 인출은 연말정산에 포함하면 되지만, 퇴직 후 인출의 경우 퇴사 연도의 중도퇴사자 원천징수신고 및 지급명세서 제출이 별도로 필요합니다  . 간혹 회사가 이를 간과하여 적시에 원천징수나 신고를 하지 못하면 가산세 등 제재를 받을 수 있습니다. 특히 스타트업 등에서 우리사주제도를 도입하고도 세무인프라가 부족한 경우 이러한 실수가 발생할 수 있어 세무전문가의 검토와 시스템 구축이 요구됩니다.
• 제도 운영 미비로 인한 혜택 상실: 우리사주조합이 법정 요건을 충족하지 못하면 세제혜택을 못 받을 위험이 있습니다. 예컨대 조합설립 신고를 누락하거나, 의무예탁기관(증권금융회사 등)과 예탁계약을 체결하지 않고 주식을 임의 보관했다면 이는 근로복지기본법상의 요건 미충족으로 간주되어 세법상 혜택 적용이 불투명해집니다. 또한 조합 운영이 부실하여 규약과 다르게 인출·재배정이 이뤄진 경우, 향후 세무조사 시 문제가 될 수 있습니다. 이러한 운영상의 하자는 세금뿐 아니라 근로자-회사 간 법적 분쟁 (예: “우리사주 혜택을 제대로 못 받았다”는 소송 )으로 번지기도 합니다.

관련 법령 및 최근 개정 동향

우리사주 관련 과세는 주로 조세특례제한법(조특법)과 그 시행령에서 규정하며, 그 밖에 근로복지기본법, 소득세법, 법인세법, 상속세及증여세법 등의 관련 조항이 적용됩니다. 주요 법령 조문과 최근 개정 사항은 다음과 같습니다:
• 조세특례제한법 제88조의4 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례): 우리사주 세제의 근거 규정입니다. ①항에서 근로자가 우리사주조합에 출자할 경우 연 400만원 한도(벤처기업 등은 1,500만원) 소득공제를 허용하고 , ⑤항에서 우리사주 인출 시 과세원칙 (인출금을 근로소득 간주, 인출일을 수입시기, 회사의 원천징수의무)을 명시합니다 . ⑥항은 보유기간 및 기업 규모별 비과세율 (2년↑ 50%, 4년↑ 75%, 중소기업 6년↑ 100% 등)을 규정하여 장기보유 인센티브를 제공합니다  . 이 밖에 ②항에서 조합기금 운용수익의 비과세, ③항에서 기업 출연 또는 시장매입 주식의 배정 시 과세이연, ④항에서 기업 출연 주식의 한도 초과분에 대한 과세 (근로소득), ⑦항에서 출자금 출자 후 미사용 인출 시 과세, ⑧항에서 우리사주 취득가액과 시가 차액에 대한 과세특례 (출자 400만원 초과분에 대한 할인액 과세) , ⑨항에서 예탁 주식의 배당소득 비과세 요건 및 1년 내 인출 시 과세 규정을 두고 있습니다  . 최근 개정으로는 2017년 말 조특법 개정 시 벤처기업 우리사주조합원의 소득공제 한도를 1,500만원으로 대폭 상향 한 점, 2015년 개정으로 중소기업 주식 6년 보유 시 100% 비과세 혜택을 신설한 점 등이 있습니다. 현재(2025년 기준) 조특법 제88조의4는 2025.10.1. 시행 타법개정을 거쳐 유지되고 있습니다 .
• 조세특례제한법 시행령 제82조의4: 상기 법 조항의 위임사항을 규정한 시행령입니다. 용어 정의와 인출금의 구체적 계산방법, 기업 출연 주식의 과세한도(직전연도 총급여 20% 또는 500만원 중 큰 금액 등), 비상장주식의 시가 산정 방법, 배당소득 비과세 요건의 증권금융 예탁증명 등의 세부 내용이 담겨 있습니다  . 시행령은 과세특례 적용을 위한 기술적 기준을 규정하므로, 실제 과세실무에서는 이 시행령 조항에 따라 과세대상 인출금액과 비과세 금액을 산출합니다. 또한 시행령은 벤처기업 등 특례, 우리사주 재배정시 과세처리 (예: 중도퇴사자 주식의 재배정 시 과세이연 유지 여부) 등에 대한 기준도 제시하고 있습니다 .
• 근로복지기본법 제43조~제45조: 우리사주조합의 운영 및 우리사주 취득·예탁·인출에 관한 기본법령입니다. 제43조는 우리사주예탁 의무를, 제44조는 “우리사주의 인출 등”을 규정하여 예탁기간 중 인출 허용사유를 대통령령에 위임하고 있습니다 . 근로복지기본법 시행령 제25조에서 그 위임에 따라 해산, 사망, 퇴직, 그 밖의 불가피한 경우를 인출 허용사유로 명시하고 상세 요건을 규정합니다 . 제45조와 제45조의2는 비상장기업의 우리사주 처분 및 환매수에 관한 규정으로, 비상장주의 유동성 확보를 위해 회사의 환매수 의무, 가격결정, 환매수준비금 적립 등에 대한 근거를 두고 있습니다 . 예컨대 회사는 근로자가 보유한 비상장 우리사주를 사정에 따라 의무적으로 환매수해야 할 수 있고, 이를 위해 환매수 준비금을 적립할 수 있도록 합니다 .
• 법인세법 및 시행령 관련 조항: 기업이 우리사주조합에 출연(현금 또는 자사주)을 할 경우 전액 손금(비용) 인정을 받을 수 있습니다 (법인세법 시행령 제19조 등). 2002년 세법 개정으로 이러한 회사 출연금의 손금산입이 명문화되어, 현재 기업이 근로복지기본법상의 우리사주조합에 자사주를 무상출연하거나 출연금 지원 시 법인세상 비용 처리가 가능합니다  . 다만 출연 형태에 따라 회계·세무처리가 약간 달라집니다. 자기주식 무상출연의 경우 회사가 보유한 자기주식을 소각하지 않고 조합에 증여하면, 그 시가 상당액을 익금 산입해야 하는 경우도 있으므로   유의해야 합니다. 한편 우리사주조합원이 저가로 주식을 취득해 근로소득세가 부과되는 경우 그 금액은 회사의 손금인정 인건비에 해당하지 않는다는 국세청 유권해석이 있어 , 회사 입장에서는 과도한 할인출연은 손비불산입 위험이 있음을 알아야 합니다.
• 상속세 및 증여세법: 우리사주조합과 관련하여 대주주나 제3자가 주식을 출연할 경우 증여세 문제가 제기될 수 있으나, 법령은 우리사주조합에 대한 출연을 증여세 비과세로 규정하고 있습니다 . 상증세법 시행령 제35조 제3항 등에 따라 대주주 등이 우리사주조합에 출연한 주식이나 금품은 증여세를 과세하지 않고 있습니다. 이는 근로자에게 주식을 균등 분배하는 우리사주제도의 취지를 반영한 것으로, 출연자 입장에서도 일정 한도 내에서 기부금 세제 혜택(개인에게는 소득금액 30% 한도의 특례기부금 공제)과 함께 증여세 부담을 면제받는 효과가 있습니다  . 다만 이러한 비과세 혜택을 받으려면 출연이 근로복지기본법에 따른 우리사주조합을 통해 이루어져야 하며, 임의의 형태로 개별 근로자에게 증여한 경우와 구분됩니다.
• 기타 개정 동향: 정부와 국회는 우리사주제도 활성화를 위해 세제지원을 꾸준히 확대해왔습니다. 2018년 세법개정으로 근로자 우리사주 출연금 소득공제 한도를 400만원(벤처 1500만원)으로 상향조정 하였고, 2015년에는 중소기업 장기보유 주식에 대한 전액 비과세 요건(6년)을 도입하였습니다. 또한 최근 논의로 우리사주 매각차익에 대한 양도세 면제 범위를 넓히거나, 회사 환매수 의무화 및 세액공제 제도 도입 등이 거론되고 있습니다 . 2023년 세법개정안에서는 벤처기업 우리사주 출연 소득공제 특례 기한 연장 등 일부 조치가 이루어졌습니다. 향후에도 직원 재산형성 지원과 소득공정성 제고 차원에서 우리사주 과세특례는 유지·강화될 전망입니다.

세무당국의 해석과 판례 동향

우리사주 과세와 관련하여 국세청 예규 및 질의회신, 그리고 법원의 판례가 쌓여 있습니다. 중요한 해석 사례를 살펴보면 다음과 같습니다:
• 국세청 서면해석 (퇴직 후 인출 소득의 귀속시기): 앞서 소개한 서면-2023-원천-0687 (2024.05.02.) 사례에서 국세청은 “우리사주조합원이 아닌 자(퇴직자)가 우리사주를 인출하는 경우 그 소득은 조합원 지위를 상실한 시점에 귀속된다“고 회신했습니다  . 이에 따라 퇴직자가 나중에 주식을 찾아가더라도 실질적으로는 퇴사한 달의 근로소득으로 간주되어 원천징수 및 신고되어야 합니다. 또한 이 해석은 인출금에 대해 기본공제 등을 적용하지 않고 소득세율로만 원천징수함을 재확인하였습니다 . 이는 기업 실무상 퇴직정산 과정에서 우리사주 인출소득을 빠뜨리지 말고 처리하라는 가이드로 볼 수 있습니다.
• 국세청 예규 (저가 취득 주식의 손금 해당 여부): 국세청 법령해석 사례에 따르면 “우리사주조합원이 시가보다 낮은 가액으로 주식을 취득하여 그 차액에 근로소득세가 부과되는 경우, 그 차액 상당 금액은 법인의 손금산입 대상이 아니다“는 입장을 밝힌 바 있습니다 . 이는 앞서 언급한 조특법 제88조의4 제8항에 따른 과세로 직원에게 근로소득이 귀속되는 경우라도, 회사는 이를 직원에 대한 인건비로 볼 수 없다는 해석입니다. 해당 예규는 기획재정부 소득세제과 유권해석으로 알려져 있으며, 기업이 우리사주조합을 통한 사실상의 증여로 비용처리를 시도하는 것을 제한하려는 취지입니다.
• 대법원 판례 (배당소득 비과세 요건 해석): 앞서 다룬 대법원 2024다254820 판결은 우리사주 배당소득 비과세와 관련하여 중요한 법리를 제공했습니다. 조특법 제88조의4 제9항 단서는 “예탁일부터 1년 이내 인출하는 경우 그 전에 지급된 배당은 인출일에 지급된 것으로 보아 과세한다”고 규정하는데  , 대법원은 이를 **“과세요건은 인출일 기준으로 판단해야 하며, 1년 경과 후 인출이면 퇴직 여부와 상관없이 배당세 비과세”**로 해석했습니다  . 이 판결은 우리사주 세제특례 해석에 있어 문언대로 엄격히 적용해야 한다는 조세법률주의 원칙도 설시하였습니다 . 다만 부당이득 반환청구를 인정하지 않은 부분은, 이미 납부된 세금을 돌려받는 실익이 없을 경우 사후 구제는 어렵다는 점을 시사합니다 . 이 판례 이후 실무에서는 예탁 1년 경과 여부가 우리사주 배당 비과세의 핵심 기준임이 명확해졌습니다.
• 기타 해석 (합병 등의 경우 과세특례 승계 등): 우리사주조합원이 보유한 주식이 타회사와의 합병으로 교환되거나 조합이 해산되는 경우, 과세특례 적용을 어떻게 할지에 대한 질의도 있습니다. 국세청은 “합병 등으로 인한 신주로의 대체는 인출로 보지 않으며 계속 보유로 취급한다”는 입장을 과거 예규에서 밝힌 바 있습니다 . 또한 중도에 조합원이 변경되어 주식이 재배정되는 경우 새로운 조합원의 취득가액 승계 등 테크니컬한 문제도 시행령과 예규로 보완되고 있습니다 . 전반적으로 세무당국은 우리사주 과세특례의 취지를 훼손하지 않는 선에서 일어날 수 있는 기업 구조변경, 조합원 변경 상황 등에 대해 과세이연을 유지하는 방향으로 해석하고 있습니다.
• 고용노동부 유권해석: 세무당국 외에도, 고용노동부가 우리사주제도 운영에 관한 질의에 답변하는 경우가 있습니다. 예를 들어 “구속된 조합원의 우리사주 인출 가능 여부“에 대한 고용노동부 퇴직연금복지과의 해석(퇴직연금복지과-4570, 2019.10.29.)에서는 사망이나 구속 등 특수사유 발생 시 정관과 법령에 따라 인출이 허용될 수 있다고 안내하였습니다  . 이는 세법 문제라기보다 제도 운영 일반에 관한 것이지만, 이런 해석이 근로복지기본법상 인출 사유의 유연한 적용을 뒷받침하여 결과적으로 세무 처리(인출 과세)에도 영향을 줍니다.

요약하면, 세무당국의 해석과 법원 판례는 우리사주 과세특례의 범위를 명확히 하고 기업과 근로자가 이를 오용하거나 오해하지 않도록 기준을 정립하는 추세입니다. 기업은 이러한 해석례를 수시로 확인해 세무위험을 예방해야 합니다.

상장회사 vs 비상장회사 과세처리의 차이

상장기업과 비상장기업은 우리사주제도의 운영 및 세무에 몇 가지 차이가 있습니다:
1. 주식 가치 평가 및 거래: 상장사의 주식은 시장가격(시가)이 명확하므로 인출 시 과세표준을 산정하기 용이합니다. 인출일 현재의 거래소 시세가 그대로 인출금의 평가가격으로 활용되며, 근로소득세도 이에 기초하여 계산됩니다 . 반면 비상장사의 주식은 공개시장이 없으므로 시가 평가가 문제됩니다. 세법은 비상장주식의 경우 「상속세및증여세법」상 보충적 평가방법 등을 활용해 시가를 산정하도록 하지만, 실제로는 회사와 조합 간 합의 가격이나 순자산가치, 감정평가 등을 고려해야 하는 경우가 많습니다. 이로 인해 과세당국과 납세자 간에 평가차이로 인한 분쟁 여지가 존재합니다. 특히 스타트업처럼 가치 변동이 큰 비상장사의 경우 적정 시가 산정이 어려워 세무 리스크가 높습니다.
2. 의무예탁 및 인출 제약: 상장·비상장을 막론하고 우리사주조합을 통해 취득한 주식은 근로복지기본법에 따라 증권금융회사 등 수탁기관에 예탁되어야 합니다. 다만 상장사의 경우 한국증권금융에 예탁하는 것이 일반적이고, 예탁기간도 보통 1년(회사 출연분은 최대 4~8년)으로 정형화되어 있습니다. 비상장사의 경우도 원칙적으로 예탁 대상이지만, 현실적으로 한국증권금융에서 비상장주식을 관리하거나 매각할 수 없기 때문에 예탁기간 종료 후에도 회사 내부에서 보관되거나 조합 명의로 지속 보유되는 사례가 있습니다. 이러한 경우 인출 절차가 지연되거나 명확하지 않아 과세시점이 불분명해지는 문제가 발생할 수 있습니다. 법령은 비상장주식이라도 예탁 원칙을 규정하고 있으므로, 회사는 가급적 신탁회사 등의 수탁을 통해 관리하고, 인출 사유 발생 시 지체없이 주식을 이전하도록 관리해야 세무상 문제가 없습니다.
3. 환매수 제도: 비상장기업은 우리사주를 보유한 직원이 퇴사하거나 자금 필요로 매각을 원해도 시장이 없어 현금화가 어렵다는 문제가 있습니다. 이를 보완하기 위해 근로복지기본법 제45조의2는 비상장회사의 우리사주 환매수를 규정하고, 회사로 하여금 일정 조건 하에 조합원 보유 주식을 **의무적으로 매입(환매)**하도록 요구합니다. 예를 들면 퇴직 후 5년 등이 지나도록 주식을 보유한 경우 회사가 매수해줄 의무를 지는 등의 내용입니다(구체 조건은 시행령 규정). 세법 측면에서 이러한 환매수 시 양도소득세 문제가 발생할 수 있는데, 현재는 우리사주 조합원이 회사에 자기 주식을 매도할 때에도 일반 주식 양도와 동일하게 과세합니다. 다만 정책 논의에서는 환매수로 얻는 차익에 대한 양도세 면제 또는 감면을 부여하자는 의견도 있습니다 . 한편 회사가 환매수준비금을 별도로 적립하도록 허용되어 있어, 비상장사가 향후 환매수에 대비해 이익의 일부를 준비금으로 쌓으면 그 금액을 손금 산입하도록 세제혜택을 줄 수 있습니다 . 실제 2019년 법 개정으로 비상장기업도 정관에 따라 환매수준비금 적립이 가능해졌고, 이에 대한 손금인정 등 세법상 처리 근거가 마련되었습니다 .
4. 세제지원 차이: 우리사주 세제는 기본적으로 상장/비상장을 구별하지 않고 적용됩니다. 소득공제 한도(400만원)나 보유기간별 비과세율도 기업 규모(중소 여부)에 따라 다를 뿐, 비상장이라고 더 혜택이 크거나 하지는 않습니다  . 다만 비상장 중소기업의 경우 여러 정책적 지원이 겹쳐 실효세율이 낮아지는 경향이 있습니다. 예컨대 벤처기업의 우리사주출연 한도가 1500만원으로 높고 , 6년 보유 시 100% 면세 이며, 조합 운영과 환매수준비금 적립에 추가적인 세제지원이 있습니다 . 또한 비상장주식은 직원 지분이 양도세 과세대상(대주주 요건 무관 모든 지분 과세)인데, 우리사주 특별공제가 사실상 이 양도세 과세를 피하게 해주는 효과도 있습니다. 반면 상장사의 경우 애초에 소액주주의 주식양도차익은 비과세라서(코스피 1%, 코스닥 2% 미만 지분 등) 우리사주를 통해 주식을 취득해도 양도세 면제 효과는 체감되지 않을 수 있습니다. 요컨대 세제혜택 구조는 동일하지만, 비상장기업 직원은 우리사주제도를 통해 얻는 세금혜택 체감도가 상대적으로 높고 상장기업 직원은 이미 양도세 등이 면제되는 상황에서 근로소득세 이연/감면이라는 혜택만 누리는 셈입니다.
5. 배당 및 기타: 상장사는 배당금 지급 시 원천징수(15.4%) 후 지급하나, 우리사주예탁분에 대해서는 요건 충족 시 배당소득세를 면제받습니다 . 비상장사도 동일 요건(예탁+1년 보유 등) 충족 시 배당소득 비과세이나, 애초에 비상장사는 배당을 잘 하지 않는 경우가 많아 해당 특례 활용이 적습니다. 또한 상장사는 우리사주조합 지분이 의결권 제한을 받지 않고 행사되지만, 비상장사는 대주주 지분율 희석 등을 우려해 의결권 행사 제한(근로복지기본법 제46조에 일부 규정) 등을 두는 경우가 있습니다. 이러한 점은 과세보다는 지배구조 이슈지만, 상장/비상장의 제도 운용 차이로서 참고할 만합니다.

정리하면, 상장기업은 시장 유동성과 명확한 평가에 힘입어 과세처리가 수월하고 근로자도 언제든 주식 매각이 가능하나, 비상장기업은 환금성이 낮아 제도적 보완(환매수 의무 등)이 있고 세제지원을 통한 유인책이 추가로 마련되는 차이가 있습니다. 세법 적용 자체는 동일하지만, 평가·환매 등의 이슈로 인해 비상장회사는 추가적인 세무전략 수립이 필요합니다.

근로자 vs 기업의 세 부담 분석

우리사주제도의 세제는 **근로자(조합원)**와 기업(사용자) 양측에 모두 혜택을 주도록 설계되어 있지만, 그 부담과 이익이 상이한 형태로 나타납니다. 양측 관점에서 세부담과 절감효과를 살펴보겠습니다:

● 근로자(개인 조합원)의 세 부담과 혜택: 우리사주에 참여하는 근로자는 당장의 소득세 절감과 장기적 과세 이연/감면 혜택을 누립니다. 근로자는 매년 출자금에 대해 연말정산시 소득공제를 받을 수 있는데, 한도 400만원(벤처 1500만원)까지 본인 근로소득금액에서 공제되므로 최대 약 66만원(400만×16.5%) 정도의 세금을 절약할 수 있습니다  . 또한 회사나 주주로부터 무료 또는 할인으로 주식을 받을 때도, 일정 한도 내에서는 당장 세금이 부과되지 않고 나중에 인출 시점까지 과세가 이연됩니다  . 이는 스톡옵션과 유사하게 과세시기를 늦춰주는 효과입니다. 장기보유 시에는 앞서 본 대로 최대 전액 면세까지 가능하여, 우리사주를 통한 **재산형성에 대한 세금 장벽이 크게 낮아집니다 . 예를 들어 6년 이상 근속하며 우리사주를 모은 직원은 매년 소득공제로 세금을 줄이고, 인출 때도 세금을 전혀 안 내고 찾을 수 있으므로 근로소득→자본소득 전환에 따른 과세상승을 방지할 수 있습니다. 다만, 단기 퇴사하거나 자금 사정으로 일찍 매각하면 공제받은 금액에 대한 세금을 고스란히 추징당하는 셈이 되므로 , 근로자가 누릴 혜택은 장기 근속을 전제로 합니다. 또 인출시 근로소득세율(누진세)이 적용되므로, 고액의 우리사주 이익은 최대 49.5%(지방세 포함) 세율에 노출되는 부담이 있습니다. 이는 만약 그냥 주식을 보유하다 양도했다면 대주주가 아니면 비과세이거나 저율 과세될 수 있는 것을, 우리사주로 취득했기에 높게 과세되는 역효과일 수 있습니다. 그러나 세법은 이 부분을 장기보유 비과세율로 완화하고 있으므로, 일정 기간 이상 보유하면 실효세율이 낮아집니다 (예: 4년 보유 시 이익의 25%만 과세되어 실효세율 약 11% 수준). 요약하면, 근로자는 우리사주 참여로 단기적 소득세 절감과 장기적 큰 비과세 혜택을 얻지만, 보유기간 요건을 충족하지 못하면 오히려 높은 세율의 부담을 질 위험이 있습니다. 결국 근로자에게 우리사주제도는 세테크 수단이자 장기근속 유인으로 작용합니다.

● 기업(회사)의 세 부담과 효과: 회사는 우리사주조합을 통해 직원들에게 주식을 제공하거나 출연금 지원을 할 경우 세법상 여러 혜택이 있습니다. 우리사주조합 출연금은 전액 손금(비용) 인정되므로 , 회사 입장에서는 직원 복리후생비를 지출하면서 법인세를 줄이는 효과를 얻습니다. 예컨대 회사가 자기주식 10억원어치를 우리사주조합에 무상출연하면 그 장부가액 10억원을 비용 처리하여 약 2.2억원(법인세 22% 가정)의 세금을 절감할 수 있습니다. 또한 직원들에게 주식을 시가보다 낮게 지급하는 경우도, 일정 한도 내에서는 인건비로 처리하여 비용처리가 가능합니다  . 다만 앞서 본 바와 같이 그 할인액이 과도하면 손금 불산입될 수 있어 , 합리적 범위 내에서 설계해야 합니다. 우리사주제도는 근로자에 대한 보상을 현금 대신 주식으로 대체하는 효과가 있어, 기업 현금유출을 줄이면서도 직원 보상을 제공할 수 있습니다. 이는 스타트업 등에서 현금성 인건비 절감 효과로 이어집니다. 더불어 근로자의 소득공제 혜택은 사실 회사에도 긍정적입니다. 직원들이 연말정산 공제를 통해 세부담이 줄어들면 그만큼 임금인상 압력이 완화되거나 제도에 대한 만족도가 높아져 인적자본 유인 및 유지에 기여합니다. 법인세 측면에서 회사는 출연 시 비용인정을 받지만, 반대로 자기주식의 무상출연은 익금산입 이슈가 있고 , 주식 처분이익/손실에 대한 세무조정도 따라옵니다 . 예를 들면 시가 1억원의 자기주식을 직원에게 무상지급하면, 회계상 그만큼 급여비용 계상과 자본거래 처리가 일어나고, 세무상으로는 1억원을 손금, 동시에 동일액이 익금(자기주식처분이익)으로 잡혀 순효과 0이 될 수도 있습니다 . 하지만 급여로 지급한 부분은 손금, 처분이익은 익금으로 상쇄되므로 결과적으로 현금 유출 없이 직원에 대한 비용을 인정받는 효과가 있습니다. 이는 우리사주제도를 통한 보상은 세법이 허용하는 합법적 비용처리 수단임을 뜻합니다.

한편 기업은 우리사주 인출 시 원천징수의무자로서 역할을 수행해야 하는 행정적 부담이 있습니다. 직원이 대량으로 인출하는 시점에는 회사가 상당한 금액의 원천징수세액을 납부해야 하므로, 자금유동성 관리에도 유의해야 합니다. 예컨대 IPO 후 우리사주가 풀릴 때 직원들이 동시에 인출·매도하면 회사는 원천징수세액을 예수해 두었다 기한 내 납부해야 하므로, 사전에 준비가 필요합니다. 그러나 이 세액은 어디까지나 직원 몫을 대신 납부하는 것이며, 회사의 실질 부담은 아닙니다.

정리하면, 기업은 우리사주제도를 통해 법인세 절감과 인건비 효율화 이익을 얻고, 직원들은 소득세 공제와 낮은 세율로 자사주 취득 이익을 얻어 윈윈(win-win) 구조를 형성합니다  . 다만 세제 혜택이 조건부이므로, 그 조건을 충족하지 못하면 각각 세금 부담이 가중될 수 있습니다. 예를 들어 직원이 요건 미충족으로 높은 세금을 내게 되면 제도의 실효성이 떨어지고, 회사도 그에 대한 보완 요구를 받을 수 있습니다. 그래서 회사는 우리사주를 성급히 인출하지 않도록 장려하고, 필요한 경우 우리사주대출 등으로 자금 지원해 직원이 주식을 오래 보유토록 유도합니다. 이는 장기적으로 회사 지분의 안정적 보유, 임직원의 공동 이익으로 이어져 세금 이상의 가치를 창출하게 됩니다.

⸻

以上、한국의 우리사주 인출 과세제도 전반을 살펴보았습니다. 정부의 세제지원과 기업·근로자의 활용이 조화를 이루어, 우리사주제도가 근로자 재산형성과 기업문화 개선에 기여하도록 하는 것이 과제입니다. 제도 이용 시 관련 법령과 최신 해석을 면밀히 검토하여 세무위험을 관리하고, 합법적 테두리 내에서 최대한의 혜택을 누리는 전략이 필요합니다. 이번 분석이 우리사주 조합 운영과 과세 처리에 대한 이해를 높이는 데 도움이 되길 바랍니다.

참고 및 출처: 조세특례제한법, 근로복지기본법 및 관련 시행령 조문  ; 국세청 상담사례 및 유권해석  ; 대법원 판례 요지 ; 한국세무사회·납세자연맹 등 전문자료  ; 기획재정부·국세청 보도자료 및 세법개정 자료 등.